農業微生物菌劑重點用于生物農藥和生物肥料，是發展生態農業和生產綠色食品的主要生產資料。施用微生物菌劑盡管不及施用化學藥、肥的效果直觀、方法簡便，但是微生物菌劑多為循環利用再生資源，生產成本低，改善和保護土壤生態環境，有利于農業持續發展，因而微生物菌劑日益受到社會各界有識之士的高度重視和認可，由其制成的微生物有機肥料也成為化肥的良好替代品。
近年來，隨著畜禽養殖集約化與規模化的快速發展，養殖場對周圍環境的污染也越來越嚴重。由于目前我國規模化畜禽場通過坑漚、堆制等傳統方法處理畜禽糞便積造農家肥已很難適應牧業發展需要，糞肥的處理已經成為牧業發展亟待解決的問題。通過新型有機肥生產線采用新工藝生產微生物菌劑肥處理畜禽糞便已經成為新的研究方向，即通過微生物的作用，控制病原微生物的繁殖，使土壤微生物環境向有利于農作物高產、優質方向轉化，提高土壤抗逆性。用生物菌處理畜禽糞便過程中，可以把糞便中有毒、有害物質去除，這樣既能提高糞便肥料利用率，又能減輕糞便對環境的污染。
利用生物發酵菌劑處理畜禽的糞便，一般采取好氧方式進行，通過控制水分含量和曝氣次數、翻堆的方式來控制其發酵過程，使有機物在初期大量分解并發出高熱以殺死病害菌、昆蟲卵及雜草種子，然后再以適宜溫度緩慢分解為半熟肥，同時利用其能量來培養大量有益微生物群，抑制有害菌的繁殖，使有機物成分通過有益微生物的吸收、利用轉化成為植物可以吸收的有效成分。
配合施用生物發酵菌劑的好氧式堆肥發酵周期短、無害化程度高、衛生條件好、易于機械化操作；無二次污染，抑制有害菌的生成，堆肥過程無臭味，無蚊蠅產生；施入土壤后，不會產生土壤板結、地力下降等使用化肥帶來的后遺癥；可起到改良土壤、增加團粒結構、提高土壤肥力等方面的作用，是改良鹽堿退化草場必不可少的原料，是促進土壤持續合理利用的最佳肥源。
例如玉米專用肥是在常規施用肥料的基礎上添加微生物菌劑，這樣就能有效促進玉米生長發育，表現為莖桿健壯高大、根系發達、果穗粗壯，具有較好的增產作用，對肥料來說也提高了肥料利用率。
有試驗表明，不同菌劑用量對玉米的增產效果及肥料利用率的影響不同，而這其中施用有機無機復合肥并配施4%微生物菌劑處理的綜合效果最佳，充分體現了生物肥料的增產、增收、節能以及降低農業環境污染特點，對今后篩選和推廣使用生物肥料以及優化農作物施肥配方具有很好的指導意義。
