畜禽糞便加工成為有機肥料是實現農業生態系統連續性的重要措施，但畜禽糞便中含有較多的重金屬、抗生素和有害生物等，如果不經過有機肥料設備進行無害化處理，直接應用于農業生產，就會導致燒苗、病蟲害等現象發生，綠色農業和無公害產品就無從談起。

在農業生產上，施用畜禽糞便作為有機肥有著悠久的歷史，其改良土壤的效果相當的好，以雞糞為例，雞糞有機肥能夠顯著提高根際土壤酶活性，調節土壤碳氮比，促進作物和土壤微生物的生長。雖然雞糞有機肥發展前景很好，在生產加工中有些地方我們還是需要注意的。

由于雞的腸道較短，因此對攝入的飼料消化不充分，致使飼料中的許多營養物質又隨雞糞排出體外。抗生素可以提高飼料利用率并促進動物生長，但抗生素本身不能被其完全所吸收，因此糞尿中還會有一部分抗生素殘留，而這些物質存在于土壤之中，是會對作物生長產生不利影響的。

由于動物飼料中添加的部分重金屬元素對畜禽的生長發育和生殖有重要作用，而畜禽對重金屬元素的利用率卻很低，絕大部分隨畜禽糞便排出體外釋放到了環境中。因此，農田土壤如果長期大量無節制地使用畜禽糞便作為有機肥，有可能對土壤環境帶來重金屬污染的潛在風險。

在養雞場中消毒往往會用到火堿，它是一種強堿，在雞舍沖洗后會在雞糞中有大量殘留。如果施用到土壤當中，會嚴重破壞土壤結構，對作物的生長造成嚴重影響。這時就需要根據情況摻入其他酸性物質加以中和，使其ph值達到一個合理的范圍。

加工雞糞有機肥有這么多需要注意的地方，那么怎樣才能很好地解決這些問題呢？

可以在鮮雞糞中加入適合發酵的菌種，以消除臭味并縮短發酵時間，促進原料的腐熟。這樣可有效去除雞糞中的臭味，殺死雞糞中的病原微生物及蟲卵；堆肥發酵是一個腐殖化的過程，有機物質的轉化改變了重金屬的形態，其活性會被鈍化，進而使其生物有效性降低。待徹底腐熟后，再經過處理后的成為普通有機肥或有機復合肥，方可放心施用于農田。

農產品質量安全受到越來越多的關注，人們對農產品的要求已經從溫飽轉變為糧食安全和營養健康的更高要求，作為糧食的糧食，有機肥料的質量也同樣應引起足夠的重視。