有機肥發酵方法有很多種，通常都是采用好氧發酵的方式。槽式發酵系統是有機肥生產企業常用的一種發酵方式。它是在通氣條件好，氧氣充足的條件下，好氧菌對廢物進行吸收、氧化以及分解的過程。好氧微生物通過自身的生命活動，把一部分被吸收的有機物氧化成簡單的無機物，同時釋放出可供微生物生長活動所需的能量，而另一部分有機物則被合成新的細胞質，使微生物不斷生長繁殖，產生出更多生物體。

槽式發酵系統由預混系統、布料系統、翻拋發酵系統、收料系統、曝氣系統、尾氣除臭系統六部分組成。

一、預混系統。在物料進入發酵槽之前雞（豬）糞和填充料使用攪拌機進行混料以獲得合適的含水率與碳氮比，并保持一定的疏松度，使氧氣容易擴散進去，堆肥含水率為50%~60%，碳氮比為（25~30）：1。

二、翻拋發酵系統。槽式發酵是由單個或多個發酵槽組成的，單個發酵槽的容積是根據翻拋機的跨度、發酵周期進行設計的，比如說發酵槽寬度為4米，高1.8米，長60米。發酵槽為鋼筋混凝土結構，相鄰兩個發酵槽共用池壁，池壁要求能承受翻拋機的壓力，池底既要承受發酵物料的重力，又要承受裝載機的重力，同時還要滿足通風的要求。

三、發酵槽布料系統。單槽結構形式，發酵料從一端進入，成品料從另一端移出；多槽結構形式，用自動布料機裝滿發酵槽前段3~4米，每翻拋一次物料移動4米。

四、發酵槽收料系統。多槽結構形式，翻拋機每翻拋一次物料移動4米，出料時采用自動收料裝置將發酵槽內的物料收集至陳化車間。

五、曝氣給氧。高壓鼓風機強制供氧，給氧空氣從發酵槽底部的補氣板向上進入發酵料堆。

六、尾氣除臭。發酵堆肥過程中會有大量的水以水蒸氣的形式散發出來，同時還伴隨氨氣、硫化氫等臭味氣體產生。可以在堆肥車間頂部設置若干臺射流風機向車間兩側吹，用來組織車間氣流，并在車間兩側設若干個排風口，排風口接排風管道通向生物濾池。

七、陳化車間。發酵后的雞（豬）糞尚未完全腐熟，需要繼續進行二次陳化。

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