在對豬糞發酵之前，需要進行預處理，當豬糞的含水率較高的情況下，可以在新鮮豬糞中添加無毒無害的木屑或粗米糠等輔料，也可以試摻雞糞，以起到調節水分、通氣和碳氮比作用，使豬糞的含水量控制在60%左右，碳氮比在30～40之間；也可以直接通過豬糞脫水機進行脫水，達到適合發酵的水分含量，完成發酵過程準備工作。

通常影響發酵的主要環境因素包括溫度、水分、碳氮比和酸堿度。在工業化化發酵中，通過人為調控，為好氧微生物發酵菌活動提高適宜的生存環境，使菌群快速繁殖，從而促進發酵的快速進行。下面以溫度和濕度為例作簡要介紹。

溫度是顯示好氧發酵中微生物活動程度的重要指標，高溫的產生標志發酵過程運轉良好。工廠化發酵要求周期短，一般為10～20天。通常使用有機肥翻堆機采用翻料和強制通風的方法來改善供氧狀態，促使前期物料快速升溫和維持中期60~65℃的高溫。豬糞的不良物理形狀是影響發酵升溫的主要障礙，必加入高C/N和低水分的有機物予以改善。

水分是微生物活動不可缺少的重要因素。在好氧發酵工藝中，物料適宜的含水率為60%～70%。物料含水過高過低都影響好氧微生物活動，發酵前應進行水分調節。物料含水率小于60%，升溫慢，溫度低，腐解程度差；大于70%，影響通氣，形成厭氧發酵，升溫慢，腐解度亦差。鮮糞一般含水量較高，降低含水量的方法是摻合低含水分的有機物料。如糠殼、泥炭、鋸末、秸稈等進行混合吸收，另外就是使用固液分離設備進行脫水。

一是物理性指標，熟腐的豬糞，其顏色是棕褐色，基本沒有臭味，物料溫度接近氣溫，松散度好；二是化學性指標，即含水率在30%以下，氮磷鉀總養分含量達5%～6%，pH7.5-8.0，有機質含量不低于45%，寄生蟲卵死亡率在95%~100%。凡達到上述指標的都屬于發酵完善。

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