有機肥的發酵一般采用的都是有氧發酵的方式，將有機肥原料放置在發酵槽中或使用生物有機肥有氧發酵罐。兩種發酵方式相比各有優勢，在不同的場地或天氣條件下都有不同的需求。

采取槽式發酵的方法占地面積大，年產3萬噸的有機肥發酵面積需要3000平方米左右，而立式發酵罐高度較高，罐內可裝較多物料，因此占地面積相對較小。使用發酵槽發酵的方式，需要砌專用的發酵槽，這樣就增加了一定的土建成本。

在發酵的時候，由于發酵槽是開放式的，而發酵罐是密封狀態的，因此兩者比較起來前者會產生較大氣味，影響周邊環境，而后者就很好地避免了這個問題。氣味都在罐里邊不能散出，需要對罐內物料通風換氣時可以用風機往罐內打風，這樣就達到了環保要求，不會對工作和生活環境產生影響。

使用槽式發酵的時候，需要定期使用槽式發酵翻堆機進行翻堆，整個發酵周期算下來，就需要長達兩周左右，尤其在天氣較冷的季節，發酵腐熟所需的時間更長。而有機肥發酵罐可以實現智能化自動操作，自動控溫、自動攪拌，自動上料，自動出料，適應性廣，無論是較熱的地方或寒冷地區，都可以隨時發酵不受任何限制。

有氧發酵罐全程自動自動化程度高，封閉性強，不會產生二次污染。采用的是立式封閉罐體結構，節約了占地面積，發酵罐，較好的降低了設備安裝對面積的要求。有機肥發酵罐內與糞便接觸部分全部采用304不銹鋼，防腐蝕，使用壽命長。運轉實現全自動化，小型發酵罐，可以實現無人操作系統（傳送帶投入方式時）罐體內部用聚氨酯做保溫層，受外界影響小，確保一年四季發酵。

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