在玉米收獲之后，剩下的秸稈怎樣處理是一個棘手的問題。過去直接焚燒不僅造成大氣環境污染，還造成了大量的資源浪費。玉米秸稈作為生物質資源，不僅可以加工成生物質燃料，而且因為其含有豐富的氮、磷、鉀及微量元素，可以加工成有機肥來使用。

研究表明，玉米秸稈有機肥能明顯改善土壤理化性質，有效提高化肥利用率，這樣就可以減少化肥的施用量，從而養護土壤，改善作物根際通透性，進而改善植株性狀。其實不單是玉米秸稈，一些大棚蔬菜收獲后所遺留的菜藤都可以如法炮制制成肥料，然后繼續用于蔬菜種植，實現循環經濟。

用玉米秸稈制作有機肥主要就是秸稈發酵處理的問題，怎樣使其腐殖化成為真正的肥料。由于玉米秸稈都比較長，為了便于發酵，需要使用玉米秸稈粉碎機將其先行粉碎，這樣便于發酵和翻堆。傳統的發酵方法都是長時間堆漚，使其自然發酵，但在工業化生產的情況下，就需要縮短發酵周期，實現大批量生產。這就需要用到有機肥發酵劑來加快發酵速度。

在玉米秸稈量比較大的情況下，粉碎后的秸稈就可以直接入槽進行發酵。但有機肥廠大都情況下都將其與畜禽糞便摻在一起使用發酵設備混合發酵，從后期產量上來說，玉米秸稈比較蓬松，實際發酵后體積縮小，產量就非常小，所以可以作為輔料和糞便摻在一起，這樣同時也中和了一部分糞便的水分，利于原料的發酵升溫。

完成了發酵工序，物料粉碎篩分一下就可以包裝出售了，這時就成了真正的有機肥。當然為了做高檔次的有機肥可以進行深加工，做成顆粒有機肥或生物有機肥，這就需要用到其它方面的工藝了。

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