生產有機肥的原料種類很多，如畜禽糞便、秸稈菌渣等等。作為有機廢棄物，這些原料在使用前必須進行預處理，按照合理的好氧堆肥工藝流程操作，使其無害化并且轉化成為利于植物吸收的物質。通常這個過程是采用好氧發酵的方法，經過長時間反復的堆漚翻拋物料，可以有效殺滅其中的有害生物，最終形成營養豐富的有機肥原料。

有機肥原料進行堆肥生產的時候需要確保物料的水分和細度在一定范圍，以利于后期生產過程中翻堆設備對其進行翻堆。無論是槽式翻堆機或是履帶式翻堆車它們都是依靠主軸帶動耙齒將物料打碎進行翻拋，耙齒均勻分布，相互之間間距較短，因此必須保證物料有一定的松散度，這樣既能將其打碎又不會使物料在上面纏繞，達到較好的翻堆效果。

如果物料達不到相關的水分和細度要求，可以通過其它工藝進行預處理。例如原料是畜禽糞便的話，水分太大的情況下可以使用糞便脫水機將水分含量降下來；如果原料是秸稈的話，則需要使用秸稈粉碎機將其進行粉碎處理，這樣可以避免翻堆操作時物料纏繞在耙齒上，而且經過粉碎的纖維成分也便于發酵腐熟。另外我們也可以將水分大的糞便和干秸稈進行混合，這樣就能夠中和一部分水分，也能達到降低水分的效果。

在現代的堆肥發酵工藝中，和傳統模式下的發酵不同的是加入了發酵菌種，它們可以如同催化劑一樣促進物料的發酵腐熟，從而縮短整個發酵周期，提高發酵效率，對于大型養殖企業來說，每天都會產生大量的畜禽糞便，高效率的發酵生產就顯得非常重要。在菌種的作用下，定期對物料進行翻拋，很快就能將物料徹底腐熟。

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